これは・・・Derby触っていないから良く分からんけど、HSQLDBが大幅に処理をはしょっているだけではないのでしょうか。
でもこれだけ差があると、簡易DBとしてはHSQLDBの方が使い勝手が良いかなぁ。同時実行性能とかはどうなんだろう？